วันอังคารที่ 22 กันยายน พ.ศ. 2552

Peptide Mass Fingerprint

Peptide Mass Fingerprint
Protein identification มีหลายวิธีหนึ่งในนั้นคือการใช้ enzyme ย่อยให้เป็น peptide สายสั้นๆ ก่อนที่จะใช้เครื่อง Mass Spectrometry (MS) ในการวัด molecular weight (ในรูป M/Z ratio)

ตัวอย่าง เป็นการทดสอบโดยใช้โปรตีน Human Albumin จากฐานข้อมูล NCBI มาตัดด้วย Enzyme Trypsin (PeptideMap-Web base tool) จากนั้นนำ Molecular weight ของ Peptides ที่ได้จากการตัด ตรวจสอบย้อนกลับดูว่าเป็น Finger print peptides ของโปรตีนชนิดใด
(Profound-Web base tool) http://prowl.rockefeller.edu/

1. หาลำดับ Amino acid ของ Human Albumin จากฐานข้อมูล NCBI


2. นำ Sequence ไปตัดด้วย Enzyme Trypsin โดยใช้ program PeptideMap
3. นำ Molecular weight ของ Peptides ที่ได้ใส่เข้าไปใน program Profound โดยเลือก Enzyme ที่ใช้ตัดเป็น Trypsin แล้วกดปุ่ม Identify Protein
4. แสดงผลลัพธ์ที่ได้ว่า Match กับ โปรตีน Human Albumin

รายชื่อสมาชิก กลุ่ม 2


นพ. อภิรมย์ วงศ์สกุลยานนท์
พญ. ชนัดดา ด่านพิษณุพันธ์
นส. ศิริวิมล ฤาชา
นส. ศราวัลย์ จันทร์เทศ
นาย ปฐมพงษ์ สถาพรพงษ์
นส. ปัทมวรรณ ประไพทอง
นาย สุรพงษ์ คล้ายบุตร
นาย ณัฐพล พงษ์ประสิทธิ์